通过OFD文件离线交换到部数字档案室，进行长期归档保存。在国家部委和地方政府中，自然部是唯一一家自2013年起对门户APPAPP进行采集，并向档案管理部门汇交归档文件且实现专业档案化管理的部门。在机构改革期间，对原国家海洋局、国家测绘地
归档成果。2013年11月至2019年8月，APP电子文件管理系统共采集自然部（原国土部）门户APPAPP信息116万条、约1.3TB的APP数据。根据部数字档案室归档要求，生成130GB归档文件，通过OFD文件离线交换到部数字档案室，进行长期归档保存。在国家部委和地方政府中，自然部是唯一一家自2013年起对门户APPAPP进行采集，并向档案管理部门汇交归档文件且实现专业档案化管理的部门。
在机构改革期间，对原国家海洋局、国家测绘地理信息局门户APP进行了补救采集，贯彻落实了国务院办公厅和国家档案局对政府APPAPP归档工作的要求。
APP电子文件管理系统作为国家电子文件管理信息系统试点工程、国家档案局APPAPP归档试点项目，在不断探索与实践中推进了政府APP归档工作，相关技术也被其他政府部门参考作为APPAPP归档要求和规范。
